BLAST ir datora algoritms, kas ir pieejams lietošanai tiešsaistē Nacionālā biotehnoloģijas informācijas centra (NCBI) vietnē, kā arī daudzās citās vietnēs. BLAST var ātri saskaņot un salīdzināt vaicājuma DNS secību ar secību datu bāzi, kas padara to par būtisku rīku notiekošajos genoma pētījumos.
Vai BLAST ir primārā datu bāze?
BLAST ir visplašāk izmantotā programmatūra bioinformātikas pētījumos. Tās galvenā funkcija ir salīdzināt interesējošo secību, vaicājuma secību, ar sekvencēm lielā datu bāzē BLAST, pēc tam ziņo par datubāzē atrastajām labākajām atbilstībām jeb “trāpījumiem”. Šai vienkāršajai programmai ir divas galvenās lietojumprogrammas.
Vai NCBI ir datubāze?
NCBI ir virkne datubāzu, kas attiecas uz biotehnoloģiju un biomedicīnu, un tas ir svarīgs bioinformātikas rīku un pakalpojumu resurss. Galvenās datubāzes ietver GenBank DNS sekvencēm un PubMed, biomedicīnas literatūras bibliogrāfisko datubāzi. Citas datu bāzes ietver NCBI Epigenomics datubāzi.
Vai BLAST tiek izmantots tikai NCBI datubāzēs?
BLAST ir pieejams tīmeklī NCBI vietnē. Ir pieejami dažādi BLAST veidi atbilstoši vaicājumu secībām un mērķa datu bāzēm.
Kā darbojas BLAST datubāze?
Kā darbojas BLAST? BLAST identificē homologās sekvences, izmantojot heiristisko metodi, kas sākotnēji atrod īsas atbilstības starp divām sekvencēm; tādējādi metode neņem vērā visu secības telpu. Pēc sākotnējās atbilstības BLAST mēģina sākt vietējo līdzinājumu no šīm sākotnējām atbilstībām.
