SDS spēcīgi saistās ar proteīnu pozitīvi lādētajiem un hidrofobajiem atlikumiem caur savām sulfātu grupām un alkilķēdēm , attiecīgi13 Attiecīgi, tas ir vērtīgs mazgāšanas līdzeklis strukturālās bioloģijas un olb altumvielu locīšanas/izlocīšanas pētījumos.
Ko SDS nodara proteīnam?
SDS ir amfipātiska virsmaktīvā viela. Tas denaturē olb altumvielas, saistoties ar proteīnu ķēdi ar ogļūdeņraža asti, atklājot parasti apraktus reģionus un pārklājot proteīna ķēdi ar virsmaktīvās vielas molekulām. SDS polārā galvas grupa sniedz papildu priekšrocības šī denaturanta lietošanai.
Kā SDS saistās ar aminoskābēm?
SDS ir hidrofoba aste, kas spēcīgi mijiedarbojas ar proteīnu (polipeptīdu) ķēdēm. SDS molekulu skaits, kas saistās ar olb altumvielām, ir proporcionāls proteīnu veidojošo aminoskābju skaitam Katra SDS molekula rada divus negatīvus lādiņus, pārspējot jebkuru proteīna lādiņu.
Vai SDS pārklāj proteīnus?
SDS arī pārklāj proteīnu ar vienmērīgu negatīvu lādiņu, kas maskē R-grupu iekšējos lādiņus. SDS diezgan vienmērīgi saistās ar lineārajiem proteīniem (apmēram 1,4 g SDS/1 g proteīna), kas nozīmē, ka proteīna lādiņš tagad ir aptuveni proporcionāls tā molekulmasai.
Kā SDS nodrošina proteīnam negatīvu lādiņu?
SDS ir mazgāšanas līdzeklis, kas satur garu alifātisku ķēdi un sulfātu grupu. Šis mazgāšanas līdzeklis mijiedarbojas ar denaturētiem proteīniem , veidojot stipri negatīvi lādētu kompleksu (negatīvs lādiņš, kas rodas no SO42 − SDS grupas). Olb altumvielas vispirms denaturē ar karstumu un pēc tam lielā pārpalikumā pievieno SDS.
