Metagenomika ir definēta kā vides paraugā ietverto genomu tieša ģenētiskā analīze Sākotnēji joma sākās ar vides DNS klonēšanu, kam sekoja funkcionālās ekspresijas skrīnings [1], un pēc tam to ātri papildināja ar tiešu nejaušu vides DNS sekvencēšanu ar bise [2, 3].
Kas ir metagenomikas process?
Metagenomika ietver DNS iegūšanu no visiem mikroorganismiem kopienā, ne vienmēr identificējot visas iesaistītās sugas. Pēc gēnu sekvencēšanas un salīdzināšanas ar identificētajām sekvencēm var noteikt šo gēnu funkcijas.
Kāda tehnika tiek izmantota metagenomikā?
Mikrobu kopienas paraugs tiek savākts no jūras ūdens, nogulsnēm, saimniekdzīvnieka vai citas jūras dzīvotnes. Pēc tam savāktās šūnas tiek lizētas un DNS tiek ekstrahēta no to lizāta. Metode, kas padara iespējamu metagenomiku, ir shotgun sekvencēšana, kas secina nejaušus DNS reģionus nemērķētā veidā.
Kādi ir 3 metagenomikas pētījuma soļi?
Metagenomikas soļi un process:
- Kolekcijas paraugi:
- DNS ekstrakcija:
- Parauga sagatavošana:
- Analīzes paraugs:
Kā tiek veikta funkcionālā metagenomika?
Funkcionālā metagenomika ietver DNS izolēšanu no mikrobu kopienām, lai pētītu kodēto proteīnu funkcijas. Tas ietver DNS fragmentu klonēšanu, gēnu ekspresiju surogātsaimniecībā un enzīmu aktivitāšu skrīningu.
